В соответствии со статьей 5 Закона Томской области от 09.08.2011 № 177-ОЗ «О Контрольно-счетной палате Томской области» Контрольно-счетная палата состоит из Председателя Контрольно-счетной палаты, заместителя Председателя Контрольно-счетной палаты, аудиторов Контрольно-счетной палаты и аппарата Контрольно-счетной палаты.
Численный состав, включая должности председателя, заместителя председателя и аудиторов Контрольно-счетной палаты утверждены постановлением Законодательной Думы Томской области от 24.11.2020 № 362 «Об установлении штатной численности Контрольно-счетной палаты Томской области»